Создать или отредактировать файл yougile.desktop с правами обычного пользователя не под sudo.
nano ~/.local/share/applications/yougile.desktop
Указать путь до приложения.
[Desktop Entry]
Name=YouGile
GenericName=Project Management
Comment=YouGile project management system
Exec=sh -c '"/home/user/Applications/YouGile-40.38.3-x86_64.AppImage" %U'
Terminal=false
Type=Application
Categories=Office;ProjectManagement;
StartupWMClass=YouGile
Сделать файл доверенным и исполняемым.
chmod +x ~/.local/share/applications/yougile.desktop
gio set ~/.local/share/applications/yougile.desktop metadata::trusted true
Перезапустить оболочку или перезагрузить компьютер.