Для быстрых записок есть приложение Joplin, я использую десктопную версию для линукс. Есть поиск, теги, каталоги и подкаталоги (в их понятиях Notebooks). Глубина вложенности каталогов достаточная. Есть синхронизация, я использую драпбокс и получаю доступ со всех устройст. Два текстовых редактора. Программа распространяется бесплатно.
Для собственной базы знаний использую WordPress. Как блог эта платформа работает хорошо. Отсутствие плагинов и постоянные обновления позволяют избежать риска заражения, здесь конечно минус платформы.