Для папок:
find /var/www/sites/example.com/ -type d -exec chmod 755 {} \;
Для файлов
find /var/www/sites/example.ru/ -type f -exec chmod 644 {} \;
В filezilla есть инструмент, с помощью которого можно изменить права папки и вложенных папок или файлов, или тому и другому.